蒲岐地临东海，自宋朝开始为屯兵防卫要地。宋朝，温州郡设制置司，蒲岐设寨，以防海盗。元朝，温州郡设镇边万户府，蒲岐设寨，既防海盗，又防倭寇。

明朝，温州郡设三卫，即温州卫、金乡卫、（乐清）磐石卫，蒲岐设千户所，派守旗军，隶磐石卫。永乐五年（1407），磐石卫设按察使签事，盘量屯田，置兵巡道。嘉靖年间，倭患尤多，屡侵江、浙沿海，浙江开始设四参六总，其中温州郡为四参驻地之一，由参将统辖温州郡的三个卫，设备道把总巡道，把总驻府城。磐石卫辖三个所共有官兵16260名。黄华、石码、蒲岐各海口列营分哨。

清朝，取消卫所建制，改为营汛建制。蒲岐称汛（亦称寨）。汛即讯，稽查之意。以防范农民起义或海盗入侵。并开辟玉环岛，设兵巡哨。三盘、霓岙、黄大岙皆为内地，磐石、石码、蒲岐有了屏障。